Theo Quyết định số 1959/QĐ-BTC ngày 28/9/2015 Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Kho bạc Nhà nước gồm:

Kho bạc Nhà nước được tổ chức thành hệ thống dọc từ Trung ương đến địa phương theo đơn vị hành chính, bảo đảm nguyên tắc tập trung, thống nhất.

Cơ quan Kho bạc Nhà nước ở Trung ương

Các đơn vị thực hiện chức quản lý nhà nước

• Vụ Tổng hợp - Pháp chế
• Vụ Kiểm soát chi
• Vụ Kho quỹ
• Vụ Hợp tác quốc tế
• Vụ Thanh tra - Kiểm tra
• Vụ Tổ chức cán bộ
• Vụ Tài vụ - Quản trị
• Văn phòng
• Cục Kế toán nhà nước
• Cục Quản lý ngân quỹ
• Cục Công nghệ thông tin
• Sở Giao dịch Kho bạc Nhà nước

Các đơn vị sự nghiệp

• Trường Nghiệp vụ Kho bạc
• Tạp chí Quản lý Ngân quỹ Quốc gia

Cơ quan Kho bạc Nhà nước ở địa phương

Kho bạc Nhà nước ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (gọi chung là Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh) trực thuộc Kho bạc Nhà nước.

Kho bạc Nhà nước ở huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (gọi chung là Kho bạc Nhà nước cấp huyện) trực thuộc Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh.